Les coûts indirects de la recherche sont des dépenses qui ne peuvent pas être directement attribuées à un projet de recherche particulier, mais qui sont tout de même requises pour mener ces travaux. Par exemple, les coûts de l’administration et de la gestion de la recherche, les coûts associés aux réseaux informatiques des bibliothèques, les coûts de la rénovation des laboratoires et de l’entretien de base.

Dans sa présentation prébudgétaire de 2001, l’ACAE a demandé au gouvernement de réaliser d’autres investissements dans les coûts indirects de la recherche afin de solidifier la recherche au Canada et d’améliorer la qualité de l’éducation postsecondaire. Le programme des coûts indirects a été instauré en 2003 et continue d’exister aujourd’hui sous le nom de Fonds de soutien à la recherche. Le financement totalise aujourd’hui 342 millions de dollars par année, versés par le truchement des trois organismes subventionnaires.