Le Fondation canadienne des bourses d’études du millénaire (FCBEM), une organisation non gouvernementale indépendante, a été créé dans le cadre d’une loi du Parlement en 1998 afin d’améliorer l’accès aux études postsecondaires et de réduire la dette des étudiants, au cours d’un mandat de 10 ans. La BEM était à l’origine fondé sur les besoins et le mérite, selon une proportion de 50/50. Malgré la très grande utilité de cette Fondation, le financement fondé sur les besoins était limité et de nombreux Canadiens à faible revenu n’étaient toujours pas en mesure de payer leurs études postsecondaires.

L’ACAE a décidé d’agir la même année, en demandant une hausse des bourses non remboursables fondées sur les besoins. Par la suite, le FCBEM a changé sa structure afin d’évaluer les demandes selon un nouveau ratio, soit 95 % selon les besoins et seulement 5 % selon le mérite. De 2000 à 2008, la FCBEM a versé 320 millions de dollars en bourses non remboursables, dont 144 millions de dollars qui n’auraient jamais été versés sans l’intervention de l’ACAE dans ce domaine.